تنقسم الإدارة العامة للتخطيط والمشروعات الى اربعة إدارت رئيسية:
إدارة السياسات والتخطيط :
•قسم السياسات.
• قسم التخطيط.
• قسم المتابعة والتنسيق.
• قسم حصاد المياه.
إدارة التصميم وإعداد المشاريع :
• قسم تصميم القنوات.
• قسم التصميم المعماري.
• قسم تصميم المنشآت.
• قسم الوثائق.
إدارة المساحة :
• قسم المساحة.
إدارة الإشراف والمتابعة :
•قسم القنوات.
• قسم المشاريع.
• قسم القاش وطوكر.
الإختصاصات :
-إعداد الخطط والتقارير (الاستراتيجية و الدورية ) للوزارة و متابعة تنفيذها و تقويمها في ضوء سياسات و استراتيجيات الدولة و خططها التنموية، وما يتطلبه ذلك من القيام بعمليات التخطيط المختلفة (عمليات ما قبل الخطة ،عمليات إعداد الخطة وبنائها، عمليات ما بعد الخطة). نشر ثقافة التخطيط و توطين المفاهيم و الأساليب الحديثة للعملية التخطيطية في قطاعات وإدارات ووحدات الوزارة .
-إعداد مؤشرات الأداء (الدورية والسنوية) و توظيفها في تطوير العملية التخطيطية.
-إعداد الدراسات التخطيطية التي تخدم الوزارة و خططها المستقبلية لتحديد مسارات النمو الكمي والكيفي ورصد مناطق الوفرة والشح في ضوء المتغيرات المحلية و العالمية.
-المشاركة في وضع السياسات والإستراتيجيات العامة للوزارة.
-تنمية العناصر البشرية العاملة في مجال التخطيط في الوزارة ، ومتابعة تطوير أدائهم بالتنسيق مع الجهات ذات الصلة داخل وخارج الوزارة.
-المشاركة مع الجهات و المصالح الحكومية ذات العلاقة في مجال التخطيط والسياسات.
-إعداد الدراسات التخطيطية و الاقتصادية التي تخدم الوزارة وخططها المستقبلية في ضؤ المتغيرات المحلية والعالمية
-تقديم المشورة و الدعم الفني لقطاعات التخطيط بوحدات الوزارة المختلفة.
-المشاركة في إعداد مشروع الميزانية السنوية للوزارة المتعلقة بتمويل برامج و مشروعات الخطط السنوية مع الجهات ذات العلاقة.
-تحديد الاحتياجات التدريبية و المستلزمات الإدارية و الفنية الخاصة.
– المشاركة في تخطيط مشروعات التعاون الثنائي والاقليمى والدولي فى مجال إختصاصات الوزارة.
-مراعاة الأثرالبيئي للمشاريع الجديدة، وفق المعايير العالمية.
-تحقيق الإدارة المتكاملة للموارد المائية والطاقة الكهربائية و توجيهها من خلال السياسات العامة للدولة.
-الإشراف الفني العام علي إعداد البحوث والدراسات الهندسية والفنية التي تتطلبها المشاريع.
-متابعة دراسة المشكلات والمعوقات التي تواجه الجهات الفنية وتؤثر سلباً على مستويات أدائها وإيجاد الحلول والمعالجات العلمية والعملية لها.
-أي مهام أخرى تكلف بها في مجال اختصاصها من قبل صاحب الصلاحية.
-إعداد ومراجعة الدراسات والتقييم لمشروعات البنية الأساسية للموارد المائية.
-إعداد التصميمات لمشروعات الري والصرف الجديدة.
-إعداد المستندات والعقودات الخاصة بتنفيذ مشروعات الري.
-وضع المواصفات وأسس ولوائح التشغيل للمنشآت والمعدات.
-حفظ كل مستندات التصميم والرسومات والخرائط لكل مشروعات الموارد المائية ولجميع مشاريع الري القائمة بالسودان (سواء إن صممت داخل الوزارة أو خارجها).
-مراجعة الدراسات وأعمال التحديث لتكلفة المشاريع (Updating).
-إدارة العقودات الخاصة بتنفيذ مشروعات الري الجديدة.
-المتابعة والإشراف على تنفيذ مشروعات الري.
-مراجعة تصميم مشروعات الري الجديدة والإنشاءات المتصلة بها التي تقوم بها بيوت الخبرة للولايات للتأكد من سلامتها الفنية.
