أنشئت وحدة تنفيذ السدود إستكمالا لدور وحدة تنفيذ سد مروى موجب القرار الجمهوري رقم (217) لسنة 2005م في الثامن عشر من سبتمبر 2005 م والذي اصدره المشير عمر حسن احمد البشير رئيس الجمهورية. وينص القرار على انشاء وحدة بديلة لوحدة تنفيذ سد مروي تسمى ” وحدة تنفيذ السدود ” على ان تؤول لها جميع الممتلكات الثابتة والمنقولة وحقوق والتزامات وحدة تنفيذ سد مروي ، كما يؤول للوحدة الوليدة كل العاملين بوحدة تنفيذ سد مروي وحقوقهم.