إدارة مياه النيل هي إحدى إدارات الإدارة العامة وتختص برصد وإدارة  الموارد المائية السطحية بالسودان وحساب استهلاك السودان من مياه النيل. وهى من أقدم إدارات وزارة الرى، إذ بدأ رصد مياه النيل فى أوائل القرن العشرين حيث تمت الإستفادة من تلك البيانات فى أنشاء خزانات سنار وجبل أولياء والمشاريع المروية وعلى رأسها مشروع الجزيرة. ولازالت الإدارة تقدم خدماتها لكل المشاريع من حيث التصميم والتنفيذ والتشغيل.